浙大迁到黔北，分布在遵义城、湄潭县城及所属永兴场三个地方。校本部和文学院、工学院、师范学院文科各系在遵义，理学院、农学院、师范学院理科各系先在遵义，后住湄潭，一年级设在永兴。

遵义地处娄山关以南，乌江以北支流湘江的河谷盆地，是从贵阳到重庆 通道上的重要城市。浙大自 1940 年迁到黔北，直到 1946 年才返回杭州，在 贵州避战时之乱长达六年半之久。在此期间，浙大的教学秩序比较安定有序。
浙大避开战火，生活安定下来。竺可桢处心积虑地想方设法办好浙大。

在黔北的六年半，浙大在极其艰苦的条件下有了较大发展。在扩大规模的同时，浙大在教学质量和科学研究上也取得了很大进步。

浙大的发展得益于竺可桢的教育思想和工作作风。在教育思想方面，他一再说明：“大学教育的目的，决不仅仅是造就多少专家如工程师、医生之类”，而主要是培养“公忠坚毅、能担当大任、主持风云、转移国运的领导人才”。而这种“领导人才”必须具备以下四个条件：一、肯牺牲自己，努力为国，以天下为己任的精神；二、清醒的富有理智的头脑和深思远虑、不肯盲从的习惯；三、明辨是非而不徇利害的气概；四、健全的体格。竺可桢反对读死书，鼓励学生们关心国事、关心民众疾苦和公益事业。竺可桢还强调坚持求是精神，把它作为培养学生的重要内容。为了使浙大具备一个强大的教授阵营，竺可桢费尽心血，多方努力延聘了一大批有真才实学的一流教授。在治校管理方面，竺可桢采取民主办学的工作作风。当时身为一校之长的他完全可以大权独揽，但他认为专制不是好办法，因此成立了校务委员会，由教务、总务、训导三长，永兴部主任、各院院长和由选举产生的其他一些教授组成，共定学校方针大计。竺可桢为了浙大可谓呕心沥血。正是这种求是学风和民主精神的发扬，为浙大赢得了“东方剑桥”和“民主保垒”的美誉。

浙大一切就绪。1940 年 2 月底竺可桢前往重庆，主要目的是为浙大筹措 经费，还有许多其它公务活动，并于 3 月在重庆与陈汲结为秦晋之好，4 月 底，夫妻双双同返遵义。同年 12 月 14 日生一女，取松为名。

1942 年 1 月 16 日，浙大学生举行倒孔游行。“倒孔”针对当时行政院 长孔祥熙在国难当头的抗战时期营私舞弊、大发国难之财而起。而直接的导 火索则是孔夫人在香港沦陷前用专机运送宠物，而许多著名进步人士则因缺 乏交通工具而不能脱险引起义愤。消息一经传出，舆论哗然，西南大学学生 首先掀起倒孔游行。浙大学生情绪激愤，组织游行示威。作为校长，竺可桢 怕学生与军警发生流血冲突，百般劝阻不要上街游行。实在不能阻止，竺可 桢就加入学生的队伍并走在队伍前面，以保护游行学生的安全。
“倒孔”游行在竺可桢的努力下没有发生冲突，但是一些政客妄图利用这一事件向蒋介石邀功，蒋介石得知浙大举行“倒孔”游行后勃然大怒，说要严办。竺可桢千方百计保护学生逃离当局的迫害。当局不甘罢休，又制造一系列迫害学生的事件，借口搜出反动标语捕去潘家苏和膝维藻两人。竺可桢领导全校师生展开营救潘、滕的活动。查找证据证实叶道明指控学生私藏反动标语完全是栽脏。竺可桢还前往拘留潘、膝的德园探望二人。直到救二人脱险，竺可桢才欣慰自己尽了师长的责任。

1944 年，日军由湘北一路南侵攻入广西境内，11 月敌军北犯，12 月攻 陷贵州，史称黔南事变。一时人心大乱，竺可桢肩负全校千余人的安危责任， 心急如焚。教育部却函电浙大撤消，合并入中央大学。竺可桢据理力争，终 于保住浙大。

在“黔南事变”中，经浙大学生发起、推动和组织，遵义全市掀起了空前规模的劳军运动，后来又发展组成浙大的第二次战地服务团。竺可桢对这些活动一直采取了热情鼓励的态度。事变之后，浙大学生出于爱国热忱，纷纷弃笔从戎，志愿参军。竺可桢不但主张志愿者参军，还主张留校的人都学习军事科目，以随时参加前方的军事工作。后来，浙大五位同学被诬陷为共产党而被捕，竺可桢义愤填膺，经过几番交涉，四处奔走，终于使五位同学获释，其他一些参军的同学也先后退伍返校。

1945 年 3 月 14 日，竺可桢因公滞留重庆，有人告知他训导长费巩失踪 了，竺可桢大吃一惊。费巩为人正直坦诚，是疾恶如仇的正人君子，极受浙 大学生爱戴。他常常抨击国民党的腐败，又时常救助被特务机关迫害的学生， 被特务机关视作眼中钉。他四处探听费巩的消息。竺可桢推测费巩一定是被 特务绑架去了。但特务机关拒不承认。费巩失踪还未平息又起一波，邵全声 被军统逮捕，竺可桢又忙于营救邵全声。国民党为了逃避罪责，让邵全声作 替罪羊，严刑逼他供出在趸船上推费巩落水致死，宣告判处邵全声死刑。竺 可桢坚持不懈地一再营救，终于将邵保释出狱。然而费巩下落始终不明。
抗战胜利的消息传到遵义，倾城欢庆。竺可桢兴奋不已，一夜不眠。与学生们兴高采烈地共庆抗战胜利。竺可桢急不可待，想尽快将浙大迁回日夜萦怀的家乡。

11 月 8 日，浙大终于回到杭州举行战后的第一个开学典礼，竺可桢没有 辜负浙江父老的厚望，抗战八年中，浙大的成绩是突出的。故地重游，目睹 战火之后的千疮百孔，竺可桢不禁扼腕叹息。而国民党的反动举措尤其令竺 可桢心情不能平静。