芦沟桥事变激起了全国人民的抗日怒潮，抗日战争全面展开。当时浙大和全国许多大学一亲，抗日情绪高涨，开展了许多抗日活动。对这些活动，竺可桢和夫人张侠魂都积极参加或给予鼓励，学生自治会发起给前方将士捐献棉背心的活动，竺可桢就命拨出两间房子作缝制场所，带头捐钱供制作费用。并常和夫人到缝制场鼓励学生的爱国热情。后来学生会又发起捐献活动，竺可桢夫妇首先捐献了他们的结婚戒指。
“八•一三”事变后，日本飞机频繁轰炸南京—上海—杭州铁路沿线。这不仅给这一带造成人员伤亡和财产损失，也引起人们的恐惧不安，扰乱了工作和生活秩序。竺可桢经过深思熟虑，决定将浙大迁到僻静安全的地带。

竺可桢将一年级迁往天目山里的禅源寺，把附设高工和高农搬至萧山县的湘 湖，11 月中旬又把二、三、四年级迁到建德。

浙大迁往建德后，战局形势急剧变化，1937 年 11 月 5 日，日军在浙江、 江苏交界处的金山卫登陆。国民党军队迅速全线撤离，9 日上海陷落。中央 政府迁往重庆、武汉。在经费来源断绝的情况下，竺可桢忍痛遣散附设的高 工高农两部分师生。而临敌军步步逼近的境况，竺可桢考虑再次西迁。竺可 桢听说江西泰和有办学的条件，他就亲自去察看。12 月中旬，竺可桢自泰和 返建德，当时南京已陷落，杭州处于危急之中，他立即布置迁校。
竺可桢计划的迁校路线是从建德乘船到兰溪，改乘火车到樟树，然后换船南行到吉安或泰和。但战时客车停运，不得已，竺可桢只好命令改变路线，坐船上溯常山，从那里乘汽车到玉山，再乘火车。为全校师生员工的安危，

竺可桢克服了重重困难，日夜操劳，深得众人的爱戴和尊敬。 几经波折，浙大终于在 1938 年 2 月迁至泰和。浙大师生经过了共同的患难，更加齐心协力，专心致志于教学。当时教育部派人在全国巡察，结果认为浙大是所有大学中教学秩序和教学质量坚持得最好的一所。
竺可桢还为当地兴办一些公益事业。浙大校址坐落在赣江边，几乎年年遭水灾。竺可桢与有关方面商量后由地方出钱，由浙大负责技术工作，修筑 了一条长 15 里的防洪堤。竺可桢还提议招募难民垦荒种地，兴办了沙村垦殖 场。竺可桢看到当地小学师资缺乏，就建议浙大和地方合办一个学校，取名 澄江学校。

暑假来临，竺可桢领导学生组织慰劳队去抗战前线慰问，捐款购买医药 用品送往前方。6 月 30 日一早，竺可桢随慰劳队出发，侠魂夫人为他整好行 装，送到车站，目送他远去。
竺可桢由长沙换火车直奔武汉。教育部在战时迁至武汉，部里要求竺可桢增设浙大师范学院，竺可桢表示尽力而为。谈到迁移，竺可桢说：“假若现在不迁移，则永不能移动。不要临时抱佛脚，请授权浙大自己视情况决定。”
航空委员会朱国华来见竺可桢，说湖口确已失陷。如此看来，浙大西迁势在必行，而且必须立刻着手。竺可桢离开武汉前，陈立夫同意浙大西迁，并说：“希望能迁到贵州。”

竺可桢感到事不宜迟，立刻着手迁校的准备工作，正为校址费脑筋之时，却收到家中来电，要他火速回泰和。竺可桢匆忙赶回家，在黄昏落日里迎他归家的是竺梅、竺安、竺宁三个孩子。竺梅安慰心急如焚的父亲：“爸爸，妈妈的病好点了。”竺可桢心情沉重，发觉身边还缺衡儿，竺梅不敢隐瞒，泪水汪出来：“衡儿没得了！”竺可桢一时心痛如绞。回到家中，只见侠魂躺在床上，形容憔悴，唏嘘不能言语了。见她双唇蠕动，竺可桢贴近她，听她说：“我怕这辈子再也不能相见……”竺可桢握住她的手，守在她床前，等她安睡了，又向医生询问病情。在侠魂夫人病床前，竺可桢百般劝慰，精 心照料。1938 年 8 月 3 日 11 时，张侠魂与世长辞。竺可桢一时感到生活失 去了重心。他将侠魂喜爱的手表和自来水笔放入棺木中让她带去。9 月 15 日葬张侠魂、竺衡于玉华山之阳，地名松山。17 日，竺可桢领了梅儿和彬彬到 松山张侠魂和衡儿坟前与之告别。浙大再次西迁上路。

西迁路上，竺可桢夜听秋雨潇潇，辗转难眠，忆起侠魂，悄然泪下，作了两首悼亡诗用以寄情：

一

生别可哀死更哀，何堪凤去只留台；

西风萧瑟湘江渡，昔日双飞今独来

二

结发相从二十年，澄江话别意缠绵；

岂知一病竟难起，客舍梦回又泣然。 浙大的繁忙公务冲淡了竺可桢的丧妻之痛。11 月 1 日，浙江大学在宜山标营厅举行开学典礼，竺可桢对师生发表了《王阳明先生与大学生的典范》演讲，他推崇“知行合一”。并提出以“求是”二字为浙大校训。后来竺可桢又请马一浮作《浙江大学校歌》，全文如下：

大不自多，海纳江河。惟学无际，际于天地，形上谓道，形下谓器。礼

主分别，乐主和同。知其不二兮，尔听斯聪。

国有成均，在浙之滨，昔言求是，实启尔求真。习坎示教，始见经纶。

无曰已是，无曰逐真。靡革匪因，靡因匪新。何以新之，开物前民。嗟尔髦士，尚有其闻。

念哉典学，思睿观通。有文有质，有农有工，兼总条贯，知至知终。成章乃达，若金之在熔。尚亨于野，无吝于宗。树我邦国，天下来同。 浙大在宜山时期，学生为抗战举行义卖募捐，竺可桢捐出侠魂生前的 12件物品。自侠魂辞世后，竺可桢省吃俭用，积攒了 1000 元，他想把这笔钱捐 给浙大，设立侠魂纪念奖学金，以周济二、三、四年级女生中家境贫寒而成 绩优良者。此事完成后，竺可桢深感宽慰。

迫于时局，宜山也不能久住。在敌军的轰炸中，浙大损失重大。浙大必须再一次西迁。教育部允许浙大迁往贵州。

竺可桢肩负浙大与气象所两副担子，拖着几个孩子，生活艰苦。朋友都劝他与陈汲赶紧把婚事办了，家里好有个照应。竺可桢觉得此事不能太仓促。

他决定去嘉定与陈汲长谈，二人同游峨眉山，在千佛顶，二人定下了终身相许的情缘。

11 月 24 日南宁失陷，宜山震动，浙大被迫西迁。浙大师生员工及眷属 在西迁中，流离四散，忍饥挨饿，处境艰难。竺可桢四处奔走，争取经费， 为迁校操心劳力，历尽磨难，终于到达贵州。